Όπως διαπίστωσε η ομάδα υπό τον αρχαιολόγο Άνγκους Γκρέιαμ του Πανεπιστημίου της Ουψάλας, πριν από το 2520 π.Χ. το σημείο πλημμύριζε συχνά από τα νερά του Νείλου, γεγονός που το καθιστούσε ακατάλληλο για μόνιμη εγκατάσταση. Πιθανότατα, οι πρώτοι οικισμοί δημιουργήθηκαν κατά την περίοδο του Παλαιού Βασιλείου (περίπου 2590–2150 π.Χ.), καθώς οι ροές του ποταμού άλλαξαν πορεία. Τα κεραμικά ευρήματα επιβεβαιώνουν αυτή τη θεωρία, αφού χρονολογούνται ανάμεσα στο 2300 και το 1980 π.Χ.

Ο ναός του Καρνάκ βρίσκεται λιγότερο από μισό χιλιόμετρο ανατολικά του σημερινού Νείλου, κοντά στο Λούξορ, στην αρχαία πρωτεύουσα Θήβα, απέναντι από την περίφημη Κοιλάδα των Βασιλέων. Οι ερευνητές θεωρούν ότι ο χώρος όπου ιδρύθηκε σχηματίστηκε φυσικά, όταν τα παρακλάδια του ποταμού δημιούργησαν ένα υπερυψωμένο νησί — ένα γεωγραφικό χαρακτηριστικό που οι αρχαίοι Αιγύπτιοι συνέδεσαν με τη γέννηση του κόσμου.

Στα ιερά κείμενα της εποχής, ο δημιουργός θεός Άμμωνας-Ρα περιγράφεται ως θεότητα που αναδύθηκε από «τη λίμνη», κάτι που παραπέμπει σε αυτό ακριβώς το είδος τοπίου.

Με το πέρασμα των αιώνων, οι ποτάμιες ροές απομακρύνθηκαν περισσότερο από τον χώρο, επιτρέποντας την επέκταση του τεράστιου θρησκευτικού συγκροτήματος.

Η μελέτη, που δημοσιεύθηκε στο επιστημονικό περιοδικό Antiquity, συνοψίζει την εξέλιξη του Καρνάκ «από ένα μικρό νησί σε έναν από τους θεμελιώδεις θεσμούς της αρχαίας Αιγύπτου».

Όπως καταλήγουν οι ερευνητές, «η δραστηριότητα στον χώρο δείχνει τη στενή σύνδεση του φυσικού περιβάλλοντος με τις θρησκευτικές και αρχιτεκτονικές εξελίξεις της εποχής».

Οι επιστήμονες σκοπεύουν να επεκτείνουν την έρευνά τους και σε άλλα σημαντικά μνημεία της περιοχής, ώστε να κατανοήσουν πληρέστερα το τοπίο και τη σχέση του με τις θρησκευτικές παραδόσεις της αρχαίας Θήβας.